Für ihre zentralen Forschungsvorhaben und Schwerpunktthemen hat die FHM In-Institute eingerichtet, die sowohl über Stiftungsprofessuren als auch aus Eigenmitteln finanziert werden.
Das FHM-Center for Sustainable Governance (CSG) konnte als Stiftungsinstitut der ostwestfälisch-lippischen Wirtschaft und Verwaltung (Dr. Oetker, Dr. Bernhard von Schubert, Bankverein Werther, Schloss und Gut Wendlinghausen, Stiftung Bildung und Handwerk und Kreis Lippe) eingerichtet werden. Das Ziel ist es, eine verlässliche, nachvollziehbare und praktikable Operationalisierung und Messbarkeit staatlicher, kommunaler und unternehmerischer Nachhaltigkeit aufzubauen. Zu diesem Zweck wird eine Mess- bzw. Schätzmethodik entwickelt, die qualifizierte Nachhaltigkeitskriterien in Zahlenwerten ausdrückt und diese mittels des sogenannten Nachhaltigkeitskompasses systematisch und transparent darstellt.
Das Deutsch-Asiatisches Mittelstands-Institut (DAMI) konzentriert sich im Rahmen der Internationalisierungsstrategie der FHM auf den Aufbau der Hochschulkooperationen mit Asien. Zentraler Sitz des bereits im Jahr 2005 als Deutsch-Chinesisches Mittelstandsinstitut gegründeten FHM-Instituts ist die FHM Schwerin. Das DAMI kooperiert chinaweit mit herausragenden Bildungs- und Technologiezentren, die in der internationalen Kooperation und Mittelstandsorientierung wertvolle Zukunftsinitiativen für weltweite Bildungs- und Wirtschaftsmärkte erschließen wollen.
Das FHM-Institut für den Mittelstand in Lippe (IML) wurde im Jahre 2001 als Stiftungsinstitut des Kreises Lippe errichtet. Es realisiert wissenschaftlich fundierte, wirtschaftsfördernde Entwicklungs- und Transferaufgaben im Kreis Lippe und fokussiert sich dabei auf die Herausforderungen der mittelständischen Wirtschaft in den Feldern Gründung, Nachfolge, Finanzierung, Digitalisierung, Ausbildung, Kooperation, Nachhaltigkeit und Internationalisierung. 2016 wurde das IML mit dem Institut für den Mittelstand (IfM) integriert, um den regionalen Wirkungsraum für diese und andere Forschungsbereiche zu erweitern.
Das Institut für Sportkommunikation (IfS) wurde im Jahre 2014 gegründet und wird auf der Basis der sportorientierten Studiengänge (B.A. Sportjournalismus & Sportmarketing) der FHM als auch der Forschungs- und Entwicklungsprojekte (Niedersächsischer Sportjournalistenpreis/Niedersächsische Lotto-Sport-Stiftung) in den kommenden Jahren entwickelt. Im Zentrum steht dabei die Kommunikation, und zwar sowohl die unabhängige journalistische Massenkommunikation wie auch die strategische Kommunikation von Sportlern, Sportorganisationen oder Sportunternehmen.
Die School of Start-up & Succession hat die Aufgabe, Unternehmensgründung und –nachfolge sowie die Businessplanentwicklung für alle Studierende der FHM anwendbar zu machen. Mit der Fokussierung dieser Fragestellungen in einem Institut werden die besonderen Herausforderungen in der Lehre und auch die Chancen der Gründung aus der FHM erschlossen. Das Institut wird von der FHM finanziert.
Das FHM-Institut für Kultur- und Kreativwirtschaft wurde im Jahr 2018 mit dem Ziel gegründet, verschiedenste Aspekte der Kultur- und Kreativwirtschaft zu erforschen, sowie diese wachsende Branche zu fördern, um allgemein die gesellschaftlich und wirtschaftlich relevante Bedeutung der Kultur- und Kreativwirtschaft sichtbar zu machen und Zukunftspotentiale zu nutzen.
Die Kultur- und Kreativwirtschaft umfasst gemäß Definition der Wirtschaftsministerkonferenz elf Teilmärkte wie zum Beispiel die Filmwirtschaft, Musikwirtschaft, Kunstmarkt, Software- und Games-Industrie, Architekturmarkt, Designwirtschaft oder den Werbemarkt.
Das FHM-Institut für Weiterbildung und Kompetenzentwicklung (IWK) fokussiert sich in seiner Forschung auf die mittelstandsrelevanten Themenfelder der Fachkräfterekrutierung, insbesondere im Übergang zwischen Schule und Beruf. Dabei werden Instrumente zur Kompetenzdiagnostik analysiert, fortentwickelt, implementiert und evaluiert. Projektträger sind z.B. das Institut für Strukturpolitik und Wirtschaftsförderung Sachsen-Anhalt (ISW) in Halle/Saale, das Schulamt Münster und das BiBB (Bundesinstitut für Berufsbildung).
Das Nationale Zentrum für Bürokratiekostenabbau (NZBA) findet seine Identitätsstiftung seit 2007 in der Messung von Bürokratiekosten für die Normadressaten Wirtschaft und Vollzugsverwaltung. Dabei hat es in zahlreichen Arbeiten für die Bundesregierung, einzelne Bundesministerien, das Land NRW, Kommunen sowie Institutionen der Wirtschaft das Standardkostenmodell zur Anwendung gebracht und weiterentwickelt. Das NZBA wird durch die FHM finanziert. Drittmittelaufträge werden akquiriert und umgesetzt.
Zwei weitere Stiftungsprofessuren für Mikronährstoffe und Regulationsmedizin von der gleichnamigen Stiftung in Halle (Westf.) sowie für Vegane Ernährung von der Erna-Graff-Stiftung für Tierschutz, Berlin, konnten eingerichtet werden. Auftrag beider Stiftungsprofessuren ist es, neben der Realisierung von Forschungsaufgaben u.a., ernährungsorientierte Bachelor- und Master-Studienangebote zu entwickeln und zu implementieren.